Перед началом процесса сканирования проверьте, чтобы стояла галочка напротив пункта Многостраничный режим (сканирование нескольких страниц в один PDF).
С помощью кнопки Сканирование обработайте бумажные страницы.
При необходимости измените их порядок в основном окне.
После этого нажмите кнопку в PDF и сохраните многостраничный файл на локальном диске.